Am 9. Juli 1899 wurde der Magdeburger F.C. Preussen gegründet.
Der erste Vorsitzende des Vereins war W. Plate. Als Spielplatz wurde der kleine Cracauer Anger gewählt. Der Verein verfügte nach einem Jahr über 24 Mitglieder. Am 20. Juli 1902 wurde der Name in M.S. C. Preussen 99 geändert. Die Vereinsfarben wurden mit schwarz und weiß festgelegt, ein schwarzer Adler wurde Vereinswappen.
Neben Fußball betrieb man auch Leichtathletik, später kamen Turnen, Handball und Hockey hinzu. Ab Oktober 1922 verfügte der Verein über ein zwei Hektar großes Gelände, den Preussen-Sportplatz.
Nach 1945 wurde der Verein am Königsweg, der späteren Salzmannstraße, zunächst auf Betreiben der sowjetischen Besatzungsmacht zunächst aufgelöst. An seine Stelle trat die Betriebssportgemeinschaft (BSG) Krupp-Gruson, aus der 1952 über die Namen Eintracht Sudenburg und Stahl Magdeburg die BSG Motor Mitte Magdeburg wurde. Mit ihrer starken Fußballsektion spielte sie von 1952 bis 1956 in der zweithöchsten Spielklasse, der DDR-Liga. 1956 wurden die besten Fußballer in den SC Aufbau Magdeburg übernommen, der dann in der DDR-Oberliga spielte. Motor Mitte blieb dadurch jahrelang unterklassig und wurde 1965 dem neu gegründeten 1. FC Magdeburg angegliedert. Danach durfte Motor Mitte nur noch Volkssportfußball betreiben, um dem 1. FC Magdeburg nicht als Konkurrent entgegen zu stehen. Erst 1974 erfolgte durch Neugründung wieder eine Ausrichtung zum leistungsorientierten Fußball, und die BSG Motor Mitte schaffte nach fünf Jahren 1979 den Aufstieg in die Bezirksliga Magdeburg. Nach dem umgehenden Abstieg in die Bezirklasse wurde 1982/83 erneut der Aufstieg in die Bezirksliga geschafft. Die letzte Bezirksligasaison unter der Regie des DDR-Fußballverbandes beendete Motor Mitte auf Rang 12.
1990 wurde die BSG in den eingetragenen Verein Magdeburger SV 90 umgewandelt und stieg 1992 unter Trainer Rainhard Gregor in die damalige Landesoberliga auf. 1995 erfolgte der Abstieg in die Landesliga.
Am 21. April 1997 nahm der Verein unter seinem Präsidenten Heinrich Sonsalla den neuen Vereinsnamen MSV 90 Preussen an. Mit Trainer Rolf Wagenknecht stiegen die Preussen 2001 in die Verbandsliga auf und belegten seitdem vordere Plätze. Im Jahre 2005 kam es im Paul-Greifzu-Stadion in Dessau zum Landespokalfinale zwischen den Preussen und dem VfB Sangerhausen. Am Ende konnten die Preussen im Elfmeterschießen mit 4:2 gewinnen und gewannen erstmals den Landespokal Sachsen-Anhalt. Damit waren die Preussen für den DFB-Pokal-Wettbewerb 2005/06 qualifiziert und traf auf den Erstligisten Arminia Bielefeld, dem man jedoch mit 0:3 unterlag. Zwei Jahre später konnten sich der MSV zum zweiten Mal für das Landespokalfinale qualifizieren, verlor aber gegen die verstärkte 2. Mannschaft des 1. FC Magdeburg mit 0:3.
2008 übernahm der frühere Spieler Dirk Hannemann das Traineramt bei den Preussen. Unter ihm erreichte der Verein 2012 den zweiten Platz in der Verbandsliga Sachsen-Anhalt. Dennoch trennten sich die Wege nach der Saison.
Als neuen Trainer verpflichteten die Sudenburger Steffen Rau, in der Vorsaison noch Coach beim Magdeburger FFC.
Zum 01.Juli 2012 verließ die Jugendabteilung Fußball den Mehrspartenverein MSV 90 Magdeburg und belebte den Traditionsclub des M.S.C. 1899 Preussen Magdeburg in einer Wiedergründung neu. Zum Präsidenten wurde Sven Guttermann berufen.
Zur Saison 2012/13 konnte man in die Wettbewerbe mit 8 Jugendmannschaften einsteigen. Im Spartenverein verblieb lediglich die
1. Herrenmannschaft.
Nachdem die 1. Herren des MSV Preußen 2014/15 Platz drei in der Verbandsliga erreicht hatte, zog der Mutterverein Magdeburger SV 1990 wegen unüberbrückbarer finanzieller Differenzen mit dem MSV Preußen seine Fußballabteilung vom Spielbetrieb zurück.
Zur Saison 2015/16 konnte der M.S.C. 1899 nun auch eine Herrenmannschaft melden. Unter dem preussischen Adler des M.S.C wird nunmehr eine überragende und talentfördernde Jugendarbeit geleistet.
Bekannte Persönlichkeiten:
- Sebastian Hähnge (Spieler FC Carl-Zeiss Jena)
- Heinz Brauer (ehemaliger DDR-Liga Spieler, Trainer im Jugendbereich)
- Heinz Krügel (Trainer der ersten Mannschaft in den 80er und 90er Jahren)
- Axel Tyll (ehemaliger Spieler, späterer Nationalspieler der DDR)
Momente
Sebastian Hähnge
Spieler FC Carl-Zeiss Jena
Heinz Krügel
Trainer der ersten Mannschaft in den 80er und 90er Jahren
Axel Tyll
ehemaliger Spieler, späterer Nationalspieler der DDR